Ditinjau dari sisi politik dan keamanan, hadirnya Laskar Jihad sangat menolong umat Islam, terutama warga Muslim Ambon dan Maluku Utara yang menderita. Tetapi di balik itu juga muncul penyimpangan-penyimpangan yang banyak. Keberadaan Laskar Jihad dengan segala sepak-terjangnya membuktikan betapa lemahnya pemahaman anggota “organisasi” tersebut. Setelah menimbang berbagai pertimbangan, lalu ulama-ulama yang menjadi rujukan Salafy Yamani, terutama Syaikh Rabi’ bin Hadi Al Madkhali dan Syaikh Muqbil bin Hadi Al Wadi’i, merekomendasikan agar FKAWJ dan Laskar Jihad dibubarkan. Sekitar pertengahan oktober 2002, dewan eksekutif FKAW membubarkan FKAWJ sekaligus laskar jihad.

Menarik sekali mencermati pernyataan dari DPP FKAWJ, berupa “Press Release Pembubaran FKAWJ dan Laskar Jihad Ahlus Sunnah Wal Jama’ah,” di situs http://www.laskarjihad.or.id, di sana disebutkan pernyataan-pernyataan yang sungguh menyentuh hati, yaitu:
Pertama, tujuan utama pembentukan FKAWJ dan Laskar Jihad adalah untuk berjihad di Maluku, berdasarkan Qur’an, Sunnah dan Fatwa mufti Salafi.
Kedua, dalam berjihad, FKAWJ dan Laskar Jihadnya selalu disarankan oleh para mufti Salafi.
Ketiga, dalam menilai jihad tampaknya kelemahan-kelemahan dan kurangnya kemampuan FKAWJ dan Laskar Jihad berakibat terjadinya kesalahan atau penyimpangan dari metodologi dan moralitas.
Keempat, kami bertobat pada Allah atas seluruh kesalahan, penyimpangan dan kekeliruan yang membuat kami berada dalam situasi-situasi ini.
Bukan hanya sekadar dibubarkan, tetapi sebagian mantan anggota FKAWJ dan Laskar Jihad juga jatuh dalam penyimpangan-penyimpangan. Paling tidak mereka tercerai berai dan menanggung trauma yang tidak ringan.
Padahal konon Ja’far Umar selalu konsultasi dengan guru-gurunya dalam tindakan-tindakan yang dia ambil. Hal itu tercermin dari tulisan-tulisan Ja’far Umar di majalah Salafy juga pengakuannya di media-media. Mungkin saja suatu ketika dia lalai dari konsultasi dan mengambil jalannya sendiri, misalnya ketika dia menganggap Abdurrahman wahid telah kafir, atau ketika dia menghukum rajam salah seorang anggota Laskar Jihad yang terbukti berzina di Ambon. Tetapi yang harus dicermati ialah Ja’far Umar telah didukung oleh ulama-ulama tersebut untuk berjihad di Ambon, sehingga jika terjadi sesuatu, seharusnya ulama-ulama tersebut juga tidak cepat-cepat berlepas tangan. Apalagi harus dipahami bahwa FKAWJ atau Laskar Jihad bukan organisasi main-main, organisasi ini besar dalam skup nasional bahkan eksistensinya diperhitungkan oleh dunia Internasional.
Sebagai ilustrasi, pada bulan Juli 2000, setelah ribuan sukarelawan Laskar  Jihad masuk ke Ambon, satu demi satu daerah Muslim yang semulai dikuasai Nasrani berhasil direbut kembali. Kemajuan ini membuat pemerintah Amerika Serikat gerah. Melalui juru bicara Departemen Luar Negeri AS, Phillip Reeker, pemerintah AS merasa perlu ikut berkomentar: “Secara khusus, pemerintah Indonesia harus mencegah kelompok-kelompok terorganisir yang melakukan serangan dan menghentikan para ekstrimis dari luar Maluku yang memanas-manaskan situasi dan terlibat dalam kekerasan.” (Sabili, No.2/Th VIII, 12 Juli 2000, hal.12). Tentu saja, pihak yang paling disinggung dengan sebutan kelompok terorganisir dan ekstrimis dari luar Maluku itu ialah Laskar Jihad.
Selain itu, jika Ja’far Umar memang dikenal cenderung bersikap berlebihan (ghuluw), maka seharusnya guru-gurunya telah mencegahnya sejak awal agar tidak memimpin Laskar Jihad. Bahkan yang menjadi pertanyaan, mengapa para Syaikh itu mendukung organisasi hizbiyyah seperti FKAWJ dan Laskar Jihad itu, padahal mereka terkenal sangat anti terhadap sistem organisasi seperti itu?
Sulit dibayangkan jika prakarsa pembentukan FKAWJ atau Laskar Jihad murni merupakan buah pikiran Ja’far Umar. Dia pasti sudah berkonsultasi dengan guru-gurunya. Jika organisasi model hizbiyyah (pergerakan/kepartaian) itu memang keliru, seharusnya Ja’far umar telah diperingati sejak awal, bukan setelah di jatuh terpuruk, lalu ditimpa peringatan yang sungguh pahit. Padahal Ulama-ulama Salafy Yamani ikut andil sehingga DPP FKAWJ kemudian mengeluarkan kalimat pernyataan berikut: “Kami bertobat pada Allah atas seluruh kesalahan, penyimpangan dan kekeliruan yang membuat kami berada dalam situasi-situasi ini.” Ini adalah kalimat yang sangat mengharukan yang sekaligus menunjukkan betapa tidak berdayanya para pemuda anggota mereka ketika dihadapkan kepada situasi-situasi sangat pelik yang menuntut kedalaman ilmu dan kesabaran tinggi.
Ja’far Umar diberikan peringatan keras, lalu para pengikutnya menjauhkan diri darinya. Pesantren Ihyaus Sunnah di Yogyakarta yang dia kelola tiba-tiba melompong, ditinggalkan para penuntut ilmu yang dulu memadatinya. Satu demi satu koleganya mulai mejauhi, termasuk karibnya, teman seiya-sekata dalam perjuangan, Muhammad Umar As Sewed. Jika Ja’far Umar harus menanggung beban berat di pundaknya atas masa lalu FKAWJ dan Laskar Jihad, maka Muhammad As Sewed masih tetap “bersih” dan “terus terpakai”. Tokoh satu ini kemudian menjadi tokoh panutan dakwah Salafy Yamani pasca pembubaran FKAWJ dan Laskar Jihad.
Lebih buruk dari itu, Ja’far Umar Setelah ditinggalkan komunitas lamanya, dia mencoba membangun gerakan dari sisa-sisa pemuda yang masih bersimpati kepadanya. Mereka menghidupkan kembali majalah Salafy, tetapi dengan semangat berbeda dari sebelumnya. Dalam salah satu edisi Salafy pasca Laskar Jihad, Ja’far Umar membela praktik dzikir berjama’ah yang dilakukan oleh Majlis Az Zikra pimpinan Arifin Ilham. Alasan mereka, yang mengingkari dzikir berjamaah hanya Imam Syathibi saja. Ja’far Umar juga sering hadir dalam majlis Arifin Ilham atau majlis pertemuan dengan tokoh-tokoh lainnya, dimana hal itu sangat mustahil dia lakukan di masa jayanya.
Dalam salah satu tulisan di http://www.salafy.or.id, Ustadz Qamar Su’aidi, LC. Menulis tentang pergeseran pendirian Ja’far Umar dalam artikel berjudul Ja’far Umar Thalib Telah Meninggalkan Kita. Di bagian awal tulisan Su’aidi menulis: “Adapun sekarang betapa jauh keadaannya dari yang dulu (Ja’far Umar Thalib). Jangankan majlis seperti yang engkau tidak mau menghadirinya saat itu, bahkan sekarang majlis dzikirnya Arifin Ilham kamu hadiri, majlis Refleksi Satu Hati dengan para pendeta dan biksu kamu hadiri (di UGM), majlis dalam peresmian pesantren Tawwabin yang diprakarsai oleh Habib Rizq Syihab, Abu Bakar Ba’asyir Majelis Mujahidin Indonesia dan lain-lain kamu hadiri, juga peringatan Isra’ Mi’raj sebagaimana dinukil dalam majalah Sabili dan banyak lagi yang lain yang sejenisnya.”
Kenyataan-kenyataan seperti di atas tentu merupakan titik balik  yang tidak pernah terbayangkan akan dialami oleh Ja’far Umar.
Kini Salafy Yamani telah lepas dari kegetiran-kegetiran masa lalu, meskipun kesan negatif atau trauma di hati masyarakat luas, masih ada. Walaupun begitu, tampaknya sikap-sikap keras dan kasar itu masih belum sepenuhnya berubah menjadi sikap hikmah dan mau’izhah hasananh. Dalam suasananya yang baru, ternyata mantan-mantan anggota FKAWJ dan Laskar Jihad masih terus bersikap keras, tidak pandang bulu, begitu mudah memvonis, dan tetap memerlihatkan kesan-kesan keangkuhan di hati.
Tidak murah senyum dan bermuka masam adalah ciri dakwah orang-orang Salafy, demikian pula sikap untuk mudah mengkafirkan orang lain. Padahal dalam mengajak manusia ke jalan kebenaran dibutuhkan cara-cara bijaksana dan penuh hikmah. Ketika kelompok-kelompok seperti LDII, Ahmadiyyah dan JIL menyebarkan ajaran-ajarannya dengan cara lemah lembut, ajaran mereka segera diikuti oleh banyak manusia. Tidak mengherankan jika para misionaris juga menempuh cara seperti ini untuk menjalankan misinya meskipun mereka harus bersusah payah.
Sebaliknya, ketika ajaran yang benar diajarkan dengan cara-cara keras, maka manusia pun akan lari menjauhi. Seseorang bisa menolak kebenaran bukan karena isinya, tetapi karena cara menyampaikan.”

Ditinjau dari sisi politik dan keamanan, hadirnya Laskar Jihad sangat menolong umat Islam, terutama warga Muslim Ambon dan Maluku Utara yang menderita. Tetapi di balik itu juga muncul penyimpangan-penyimpangan yang banyak. Keberadaan Laskar Jihad dengan segala sepak-terjangnya membuktikan betapa lemahnya pemahaman anggota “organisasi” tersebut. Setelah menimbang berbagai pertimbangan, lalu ulama-ulama yang menjadi rujukan Salafy Yamani, terutama Syaikh Rabi’ bin Hadi Al Madkhali dan Syaikh Muqbil bin Hadi Al Wadi’i, merekomendasikan agar FKAWJ dan Laskar Jihad dibubarkan. Sekitar pertengahan oktober 2002, dewan eksekutif FKAW membubarkan FKAWJ sekaligus laskar jihad.

Menarik sekali mencermati pernyataan dari DPP FKAWJ, berupa “Press Release Pembubaran FKAWJ dan Laskar Jihad Ahlus Sunnah Wal Jama’ah,” di situs http://www.laskarjihad.or.id, di sana disebutkan pernyataan-pernyataan yang sungguh menyentuh hati, yaitu:

Pertama, tujuan utama pembentukan FKAWJ dan Laskar Jihad adalah untuk berjihad di Maluku, berdasarkan Qur’an, Sunnah dan Fatwa mufti Salafi.

Kedua, dalam berjihad, FKAWJ dan Laskar Jihadnya selalu disarankan oleh para mufti Salafi.

Ketiga, dalam menilai jihad tampaknya kelemahan-kelemahan dan kurangnya kemampuan FKAWJ dan Laskar Jihad berakibat terjadinya kesalahan atau penyimpangan dari metodologi dan moralitas.

Keempat, kami bertobat pada Allah atas seluruh kesalahan, penyimpangan dan kekeliruan yang membuat kami berada dalam situasi-situasi ini.

Bukan hanya sekadar dibubarkan, tetapi sebagian mantan anggota FKAWJ dan Laskar Jihad juga jatuh dalam penyimpangan-penyimpangan. Paling tidak mereka tercerai berai dan menanggung trauma yang tidak ringan.

Padahal konon Ja’far Umar selalu konsultasi dengan guru-gurunya dalam tindakan-tindakan yang dia ambil. Hal itu tercermin dari tulisan-tulisan Ja’far Umar di majalah Salafy juga pengakuannya di media-media. Mungkin saja suatu ketika dia lalai dari konsultasi dan mengambil jalannya sendiri, misalnya ketika dia menganggap Abdurrahman wahid telah kafir, atau ketika dia menghukum rajam salah seorang anggota Laskar Jihad yang terbukti berzina di Ambon. Tetapi yang harus dicermati ialah Ja’far Umar telah didukung oleh ulama-ulama tersebut untuk berjihad di Ambon, sehingga jika terjadi sesuatu, seharusnya ulama-ulama tersebut juga tidak cepat-cepat berlepas tangan. Apalagi harus dipahami bahwa FKAWJ atau Laskar Jihad bukan organisasi main-main, organisasi ini besar dalam skup nasional bahkan eksistensinya diperhitungkan oleh dunia Internasional.

Sebagai ilustrasi, pada bulan Juli 2000, setelah ribuan sukarelawan Laskar  Jihad masuk ke Ambon, satu demi satu daerah Muslim yang semulai dikuasai Nasrani berhasil direbut kembali. Kemajuan ini membuat pemerintah Amerika Serikat gerah. Melalui juru bicara Departemen Luar Negeri AS, Phillip Reeker, pemerintah AS merasa perlu ikut berkomentar: “Secara khusus, pemerintah Indonesia harus mencegah kelompok-kelompok terorganisir yang melakukan serangan dan menghentikan para ekstrimis dari luar Maluku yang memanas-manaskan situasi dan terlibat dalam kekerasan.” (Sabili, No.2/Th VIII, 12 Juli 2000, hal.12). Tentu saja, pihak yang paling disinggung dengan sebutan kelompok terorganisir dan ekstrimis dari luar Maluku itu ialah Laskar Jihad.

Selain itu, jika Ja’far Umar memang dikenal cenderung bersikap berlebihan (ghuluw), maka seharusnya guru-gurunya telah mencegahnya sejak awal agar tidak memimpin Laskar Jihad. Bahkan yang menjadi pertanyaan, mengapa para Syaikh itu mendukung organisasi hizbiyyah seperti FKAWJ dan Laskar Jihad itu, padahal mereka terkenal sangat anti terhadap sistem organisasi seperti itu?

Sulit dibayangkan jika prakarsa pembentukan FKAWJ atau Laskar Jihad murni merupakan buah pikiran Ja’far Umar. Dia pasti sudah berkonsultasi dengan guru-gurunya. Jika organisasi model hizbiyyah (pergerakan/kepartaian) itu memang keliru, seharusnya Ja’far umar telah diperingati sejak awal, bukan setelah di jatuh terpuruk, lalu ditimpa peringatan yang sungguh pahit. Padahal Ulama-ulama Salafy Yamani ikut andil sehingga DPP FKAWJ kemudian mengeluarkan kalimat pernyataan berikut: “Kami bertobat pada Allah atas seluruh kesalahan, penyimpangan dan kekeliruan yang membuat kami berada dalam situasi-situasi ini.” Ini adalah kalimat yang sangat mengharukan yang sekaligus menunjukkan betapa tidak berdayanya para pemuda anggota mereka ketika dihadapkan kepada situasi-situasi sangat pelik yang menuntut kedalaman ilmu dan kesabaran tinggi.

Ja’far Umar diberikan peringatan keras, lalu para pengikutnya menjauhkan diri darinya. Pesantren Ihyaus Sunnah di Yogyakarta yang dia kelola tiba-tiba melompong, ditinggalkan para penuntut ilmu yang dulu memadatinya. Satu demi satu koleganya mulai mejauhi, termasuk karibnya, teman seiya-sekata dalam perjuangan, Muhammad Umar As Sewed. Jika Ja’far Umar harus menanggung beban berat di pundaknya atas masa lalu FKAWJ dan Laskar Jihad, maka Muhammad As Sewed masih tetap “bersih” dan “terus terpakai”. Tokoh satu ini kemudian menjadi tokoh panutan dakwah Salafy Yamani pasca pembubaran FKAWJ dan Laskar Jihad.

Lebih buruk dari itu, Ja’far Umar Setelah ditinggalkan komunitas lamanya, dia mencoba membangun gerakan dari sisa-sisa pemuda yang masih bersimpati kepadanya. Mereka menghidupkan kembali majalah Salafy, tetapi dengan semangat berbeda dari sebelumnya. Dalam salah satu edisi Salafy pasca Laskar Jihad, Ja’far Umar membela praktik dzikir berjama’ah yang dilakukan oleh Majlis Az Zikra pimpinan Arifin Ilham. Alasan mereka, yang mengingkari dzikir berjamaah hanya Imam Syathibi saja. Ja’far Umar juga sering hadir dalam majlis Arifin Ilham atau majlis pertemuan dengan tokoh-tokoh lainnya, dimana hal itu sangat mustahil dia lakukan di masa jayanya.

Dalam salah satu tulisan di http://www.salafy.or.id, Ustadz Qamar Su’aidi, LC. Menulis tentang pergeseran pendirian Ja’far Umar dalam artikel berjudul Ja’far Umar Thalib Telah Meninggalkan Kita. Di bagian awal tulisan Su’aidi menulis: “Adapun sekarang betapa jauh keadaannya dari yang dulu (Ja’far Umar Thalib). Jangankan majlis seperti yang engkau tidak mau menghadirinya saat itu, bahkan sekarang majlis dzikirnya Arifin Ilham kamu hadiri, majlis Refleksi Satu Hati dengan para pendeta dan biksu kamu hadiri (di UGM), majlis dalam peresmian pesantren Tawwabin yang diprakarsai oleh Habib Rizq Syihab, Abu Bakar Ba’asyir Majelis Mujahidin Indonesia dan lain-lain kamu hadiri, juga peringatan Isra’ Mi’raj sebagaimana dinukil dalam majalah Sabili dan banyak lagi yang lain yang sejenisnya.”

Kenyataan-kenyataan seperti di atas tentu merupakan titik balik  yang tidak pernah terbayangkan akan dialami oleh Ja’far Umar.

Kini Salafy Yamani telah lepas dari kegetiran-kegetiran masa lalu, meskipun kesan negatif atau trauma di hati masyarakat luas, masih ada. Walaupun begitu, tampaknya sikap-sikap keras dan kasar itu masih belum sepenuhnya berubah menjadi sikap hikmah dan mau’izhah hasananh. Dalam suasananya yang baru, ternyata mantan-mantan anggota FKAWJ dan Laskar Jihad masih terus bersikap keras, tidak pandang bulu, begitu mudah memvonis, dan tetap memerlihatkan kesan-kesan keangkuhan di hati.

Tidak murah senyum dan bermuka masam adalah ciri dakwah orang-orang Salafy, demikian pula sikap untuk mudah mengkafirkan orang lain. Padahal dalam mengajak manusia ke jalan kebenaran dibutuhkan cara-cara bijaksana dan penuh hikmah. Ketika kelompok-kelompok seperti LDII, Ahmadiyyah dan JIL menyebarkan ajaran-ajarannya dengan cara lemah lembut, ajaran mereka segera diikuti oleh banyak manusia. Tidak mengherankan jika para misionaris juga menempuh cara seperti ini untuk menjalankan misinya meskipun mereka harus bersusah payah.

Sebaliknya, ketika ajaran yang benar diajarkan dengan cara-cara keras, maka manusia pun akan lari menjauhi. Seseorang bisa menolak kebenaran bukan karena isinya, tetapi karena cara menyampaikan.”

Diambil dari:

http://kupretist.multiply.com/tag/inside%20salafy